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Stellaris RNA FISH在人體病理學研究中的應用

【字體: 時間:2018年01月15日 來源:基因有限公司

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  Stellaris RNA FISH由于不受抗體的限制,在腫瘤、病毒、神經疾病、植物、微生物及特殊物種研究領域有著獨特的優勢,且對于時下熱門的lncRNA、miRNA、cirRNA等不表達蛋白的非編碼RNA,也是絕佳的選擇。這期小編就近期發表的幾篇StellarisTM RNA FISH應用在人體病理學研究中的文獻給大家做下介紹~

隨著近年來轉錄組研究迅猛,以及高水平雜志對數據準確性的要求越來越高,要確定前期篩選靶標的表達量、分子功能及作用機制,必須經過原位的驗證。對靶基因進行組織學水平或者細胞學水平的單分子RNA 原位雜交可以實現對研究對象的精準原位定量。除了是對傳統蛋白水平IHC/IF和DNA 水平DNA FISH原位驗證的有力補充,Stellaris RNA FISH由于不受抗體的限制,在腫瘤、病毒、神經疾病、植物、微生物及特殊物種研究領域有著獨特的優勢,且對于時下熱門的lncRNA、miRNA、cirRNA等不表達蛋白的非編碼RNA,也是絕佳的選擇。

這期小編就近期發表的幾篇StellarisTM RNA FISH應用在人體病理學研究中的文獻給大家做下介紹~

首先一篇發表在scientific reports 上的文獻研究了Zika病毒(ZIKV)在原代人胎盤滋養細胞中的復制。大家可能知道,寨卡病毒是一種新興的蚊蟲傳播的蟲媒病毒。曾在2015-16年期間世界范圍內大面積爆發,雖然寨卡病毒以前一直主要表現為輕度的或無癥狀的類似登革熱的疾病,但是在美洲國家的出現伴隨著胚胎頭小畸型和腦畸形的發病率大大增加。故這種病毒對孕婦和胎兒尤其危險。

在本研究中,顯示了原代人胎盤滋養層細胞可被原代 ZIKV-FLR分離株感染, 而且特異地允許ZIKV病毒RNA 復制,而不會允許登革熱病毒復制。不僅通過qPCR定量,而且還用Stellaris™單分子RNA FISH直接觀察到寨卡病毒RNA在原代人類胎盤滋養層細胞中的復制。真正實現眼見為實!

能被ZIKV感染之余, 原代滋養層還表達多種公認的ZIKV病毒進入細胞受體, 并保留了細胞功能和分化。這些研究表明,ZIKV-FLR菌株可以在人胎盤滋養層中復制,而不會引起宿主細胞的破壞, 因此可能提供傳播給胎兒的儲庫和入口,使胎兒存在潛在的頭小畸型和腦畸形風險。

其次,以下這篇發表在nature communications上的研究成果是有關于肝癌YAP1信號通路的激活的。lncBRM的表達水平與YAP1信號通路的靶點均與HCC病人的腫瘤嚴重程度呈正相關。因此,作者預測lncBRM和YAP1信號通路可能可以作為HCC診斷和潛在藥物靶點的生物標志物。

在本篇研究中,LncBRM在肝臟CSCs和HCC腫瘤中的表達、定量和定位以及與BRM結合的研究就是用的biosearch Stellaris™ 技術設計的lncBRM探針雜交實現的。而且也實現了RNA和蛋白的共定位。

Figure 1 | LncBRM is highly expressed in HCC tumours and liver CSCs.(g) Non-spheres and spheres were stained with lncBRM probes and CD13 antibody for confocal microscopy. Scale bars, 20 mm.

Figure 3 | LncBRM associates with BRM to initiate the BRG1/BRM switch.(e) Non-spheres and spheres were visualized by fluorescence in situ hybridization (FISH). Scale bar, 10 mm.

還有研究報道使用Stellaris™ 單分子熒光原位雜交進行神經退行性疾病研究,研究結果已發表在權威雜志PNAS上。

SMA脊髓性肌萎縮,是一種以進行性運動神經元缺失為特征的神經退行性疾病,由SMN1基因的突變所引起。該疾病的嚴重程度與SMN2基因的拷貝數呈負相關。SMN2是一個與SMN1幾乎一樣的被復制的基因。作者闡明了SMN2位點的轉錄調節機制:LncRNA通過將PRC2招募到SMN2位點而抑制其表達,并能夠破壞lncRNA與PRC2之間的相互作用的化學修飾寡核苷酸,抑制了原代培養的神經元細胞中PRC2的招募,從而增加了SMN2的表達。該方法是一種基因上調技術,調節lncRNA和PRC2之間的相互作用。該技術可被用于治療那些由特定位點的表觀遺傳沉默而引起的疾病。

Fig. 2. Identification of a lncRNA at the SMN locus, SMN-AS1. (E) Strand-specific single-molecule RNA-FISH. Maximum intensity merge of widefield z stack in GM09677 SMA fibroblasts of the nascent SMN pre-mRNA (red, detected by a set of intronic probes), the mature SMN mRNA (yellow), and the SMN-AS1 lncRNA (blue). Pre-mRNA signals are offset (up + left) and mature mRNA signals are offset (down + right) by 2 pixels to enable visualization.

看了這些很贊的文章,很漂亮的圖片,是不是覺得,想發高分文章,怎能少了單分子熒光原位雜交!

Stellaris™ smFISH(單分子熒光原位雜交技術)是基因公司代理的LGC Biosearch公司明星產品,提供在完整細胞或組織中對單拷貝RNA進行原位觀察及定量的解決方案。該技術自發明以來,以操作簡單、靈敏度高、特異性好且適用性廣而著稱,同時非常適合于多重RNA共定位,以及RNA-蛋白共定位。

作為設計、開發和生產熒光引物/探針和相關分子診斷試劑的全球領導者,Biosearch的Stellaris RNA FISH技術近年來已得到了越來越多的科研工作者認可,引用的paper超過33%發表于Nature、Science、Cell及其子刊上。

如此人見人愛的Stellaris RNA FISH,它的實驗操作是怎樣的呢?像普通的RNA FISH一樣很復雜需要耗時好幾天甚至一星期嗎?NO!

Stellaris RNA FISH方法操作很簡單,由四個步驟組成,如下圖所示。不需要特殊試劑,整個過程可以在不到一天內完成!

眼見為實,一天之內的RNA FISH!你get到了嗎?

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