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研究microRNA,你需要知道這件事

時隔4年的大更新

【字體: 時間:2018年03月30日 來源:聯川生物

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  時隔4年,終于等來了權威microRNA數據庫miRBase (http://www.mirbase.org/)的大規模更新——升級至22.0版。

時隔4年,終于等來了權威microRNA數據庫miRBase(http://www.mirbase.org/)的大規模更新——升級至22.0版。最新版數據庫發生了如下更新:

✿miRNA序列新增超過30%,成熟體miRNA總數達到49184條
✿數據庫新報道48個物種的miRNA
✿新增miRNA序列主要來自新收錄的物種
✿對收錄和管理測序數據集的方法進行了優化
✿對大量的序列進行了修正(序列更名、修改、刪除等),再次提升序列真實性

聯川與miRBase有很深的淵源,我們王牌產品miRNA芯片的探針序列完全基于miRBase;研究人員使用聯川的測序技術鑒定到非常多的新的miRNA,既有對miRBase已收錄物種miRNA的補充和完善,又有許多物種的miRNA是首次收錄進數據庫,如Capra hircus(山羊)1,Plutella xylostella(小菜蛾)2等。

1. Wu J, Zhu H, Song W, Li M, Liu C, Li N, Tang F, Mu H, Liao M, Li X. (2014) Identification of Conservative MicroRNAs in Saanen Dairy Goat Testis Through Deep Sequencing. Reproduction in Domestic Animals. 49(1):32-40
2. Liang P, Feng B, Zhou X, Gao X (2013) Identification and Developmental Profiling of microRNAs in Diamondback Moth, Plutella xylostella (L.). PLoS ONE 8(11), e78787.

我們再來選取醫學、農學研究中9個常見的模式物種,來看看它們的成熟體miRNA在22.0和21.0版miRBase中的數量變化(見表1)。對于醫學實驗最關心的人、小鼠和大鼠,新增miRNA數量最多的是人,新增106條,其次是小鼠,新增99條,大鼠這次僅新增4條。由于這三個物種報道的miRNA數量較多,新增數量占已報道數量的比例最高不超過5%。在植物研究中常見的擬南芥、水稻、玉米,它們仨的miRNA增幅也不大,新增最多的水稻只增加了44條,約占報道數量的6%。再看豬、牛、羊三種常見動物模型,除牛miRNA有大幅度增加,新增近四分之一外(新增252條),豬新增50條,由于豬miRNA總量少,新增比例超過10%,而羊(Ovis aries)此次沒有新增miRNA。

表1 常見模式物種成熟體miRNA數量比較


本次數據庫更新是耗時4年的大規模更新,全面收集了各種研究報道的miRNA序列,特別是測序發現的miRNA。而模式物種新增miRNA不多,是否表示模式物種的miRNA已接近全部發現了呢。再通過測序鑒定出模式物種中新的miRNA的可能性是否已很小了呢。

22.0版miRNA芯片已為你準備好 
 

熟悉聯川的小伙伴都知道,聯川的miRNA芯片非常厲害,為什么呢?

✿聯川制造出全球第一款microRNA芯片(2004年)
✿基于自主專利的μParaflo®微流體原位合成芯片技術
✿第一篇聯川芯片客戶CNS文章發表于2006年(Science 2006. 313(5785), 320-324.)
✿迄今聯川芯片客戶發表CNS系列文章30余篇,全球超過800篇miRNA研究論文使用了聯川miRNA芯片實驗數據,超過80%來自醫學研究

表2 不同microRNA芯片平臺比較


聯川一直保持著一個世界紀錄,

始終是全球第一家為研究人員提供最新版miRBase探針的miRNA芯片檢測服務商,

是的,現在起聯川開始為大家提供最新22.0版miRNA芯片檢測啦!

重點來了!!!

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預約活動至2018年5月31日止。

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