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Bio-Rad推出高通量的單細胞ATAC-Seq方案

【字體: 時間:2019年07月12日 來源:生物通

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  Bio-Rad公司近日宣布推出scATAC-Seq方案,也就是在單細胞水平上利用測序來分析染色質開放性。

Bio-Rad公司近日宣布推出scATAC-Seq方案,也就是在單細胞水平上利用測序來分析染色質開放性。不久前,Bio-Rad和哈佛大學的科學家剛剛在《Nature Biotechnology》上證明了此方案的捕獲效率和高靈敏度。

ATAC-Seq是通過改造后的Tn5轉座酶介導,對染色質結構的開放區域進行捕獲測序,僅需少量細胞便可獲得全基因組的活性調控序列信息。scATAC-Seq為研究人員提供了一種工具,能夠以單細胞分辨率繪制表觀遺傳學圖譜,從而更深入地了解健康和疾病背后的分子機制。

此方案利用了Bio-Rad的ddSEQ單細胞分離器和微滴式數字化技術,將數千個細胞核或完整細胞分到單個納升大小的液滴中,以便在ATAC測序前進行文庫制備。利用scATAC-Seq方案,研究人員能夠研究腫瘤異質性或鑒定血液中的稀有細胞。

以往的技術每次只能分析100個細胞,但Bio-Rad憑借其在微滴領域的專長,帶來了一個高通量的解決方案。ddSEQ單細胞微滴制備技術每次可處理數千個細胞,每天可處理數萬個細胞。

同時,細胞捕獲效率高達95%。Bio-Rad數字生物學部門的全球營銷總監Carolyn Reifsnyder表示:“有了高達95%的捕獲效率,我們相信Bio-Rad提供了一種強大的工具,可幫助研究人員了解影響細胞分化和細胞命運的因素。”

scATAC-Seq方案是由Bio-Rad科學家與哈佛大學干細胞和再生醫學系的Jason Buenrostro博士共同開發的。Buenrostro博士在2013年參與開發了ATAC-Seq技術,同時也是這篇新發表文章的共同通訊作者。

“微滴技術將作為一種現成的技術,供各個領域的生物醫學研究人員使用,而我幫助它達到了這個階段,我感到十分自豪,”Buenrostro說。這篇文章還介紹了一種新的條形碼方法,讓可分析的細胞數量增加了十倍或更多。

在這項研究中,Buenrostro博士帶領的團隊利用scATAC-Seq技術總共生成了50多萬個細胞的染色質開放性圖譜,這些細胞分別來自小鼠大腦、人類骨髓和血液。這也是迄今為止利用scATAC-Seq生成的最全面的小鼠腦細胞圖譜。

除了Buenrostro的團隊,其他用戶也在試用scATAC-Seq方案。Resurgo Genetics的Debbie Goode表示:“我們需要在單細胞水平上全面分析細胞群,以便精確定義所有細胞類型并真正了解發育過程。這個解決方案讓我們能夠獲得數千個細胞的調控全景圖,從而將基因組學研究轉化成一種更強大的工具。”(生物通 薄荷)

立即索取scATAC-Seq方案的詳細技術資料

相關文獻

Droplet-based combinatorial indexing for massive-scale single-cell chromatin accessibility

Nature Biotechnology (2019)

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