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早期試用者如何評價PacBio Sequel II系統

【字體: 時間:2019年07月03日 來源:生物通

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  Maryland Genomics位于馬里蘭大學基因組科學研究所內,提供高通量的測序和分析服務。它擁有多種測序平臺,包括Illumina、PacBio和Oxford Nanopore的主流平臺。作為PacBio的認證服務供應商,它也參與了Sequel II系統的早期試用計劃。

Maryland Genomics位于馬里蘭大學基因組科學研究所內,提供高通量的測序和分析服務。它擁有多種測序平臺,包括Illumina、PacBio和Oxford Nanopore的主流平臺。作為PacBio的認證服務供應商,它也參與了Sequel II系統的早期試用計劃。

近日,馬里蘭大學基因組科學研究所的科學主任Luke Tallon就介紹了Maryland Genomics的試用情況。

與其他早期試用者一樣,Maryland Genomics也收到了32塊SMRT測序芯片,用于評估這款新的測序系統。他們評估了多方面的應用,包括對人、植物、昆蟲和細菌樣本開展經典的CLR(continuous long-read)測序,以及對人、微生物組等樣本開展高準確度的HiFi模式測序。

目前Sequel II平臺運行CLR文庫,采用10h的運行時間,單張芯片平均產出高達75Gb;而運行HiFi文庫,采用30h的運行時間,單張芯片平均產出高達250Gb,相比前一代Sequel平臺有顯著提升。

Tallon報告稱,每塊8M SMRT Cell在CLR模式下平均可產生92 Gb的序列數據,而在HiFi模式下平均產出高達260 Gb,平均質量評分為Q32。與Sequel系統相比,文庫序列明顯更長。同時,測序產量也提高了十倍以上。

Tallon首先介紹了他們對16種微生物混合物進行測序的結果。他們利用一塊8M SMRT Cell芯片,產生了215 Gb數據,從而實現了高質量的組裝。16條微生物染色體中的12條被組裝成單個contig,并且所有組裝都達到了至少99.9%的完整性。基于此,Tallon認為有了Sequel II系統,他們肯定能夠實現比這更深度的多重分析。

接著,Tallon介紹了全長16S擴增子測序成果。利用HiFi模式,他的團隊測序了兩組96重16S擴增子文庫,其中包含模擬菌群(mock communities)和嬰兒腸道樣本。所產生數據的質量評分高達Q80,且3’端沒有降解。在拆分數據后,研究人員發現每個樣本平均有大約12,000條HiFi序列,這些序列可實現物種甚至亞種水平的鑒定。此外,Sequel II系統的數據還能夠更忠實地還原模擬菌群的組成,體現出它在16S測序上的優勢。

最后,Tallon展示了五個陰道微生物組樣本的鳥槍法測序結果,他們的目標是組裝成完整的基因組。盡管起始材料有限且宿主污染嚴重,但Tallon報告稱,“我們仍然能夠組裝完整的基因組”,包括無法培養的細菌菌株BVAB1。BVAB1是一種存在于女性生殖道中的梭菌,以往沒有參考基因組。

Tallon表示:“根據我們的經驗,Sequel II系統基本上可以立即投入生產,我們已經將它用于一系列應用和樣品類型的測序 - 從人類基因組到宏基因組和微生物組分析到非模式植物和動物基因組,結果都非常好。對于我們這種每年處理數萬個微生物樣本的實驗室而言,Sequel II系統有可能實現真正深入且經濟高效的微生物組和宏基因組測序。”(生物通 薄荷)

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